维普查重在检测论文时，会对文中的内容与已有的学术文献进行比对，其中参考文献被标红通常有以下几种情况：

1、完全相同： 如果你的参考文献内容与已有文献的某一部分完全相同，维普查重系统可能会标红这部分文字，提示其与已有文献存在相似度。

2、相似度较高： 即使不是完全相同，如果参考文献中的某些短语或句子与已有文献相似度较高，也有可能被标红。这有助于发现潜在的抄袭或引用不当的情况。

3、引文格式问题： 维普查重系统也可能检测到参考文献的引用格式是否符合规范。如果引用格式有问题，可能会被标红提示。

4、引用的年份和作者问题： 如果在文中引用了已有文献，但是引用的年份、作者或其他信息与实际文献不符，也有可能被标红。

需要注意的是，标红并不一定意味着有问题，有时候是合理的引用或是共享的公共领域文献。然而，作者在检查结果时应该仔细查看标红的部分，确保引用和参考文献的使用是合理和合法的。如果标红的地方确实存在问题，作者需要对论文进行修改，以确保学术诚信。